生物工程系1994年开始筹建，1995年以中央民族大学的名义开始招收第一届本科生。1997年开始以大连民族学院的名义招生，到目前为止已经培养了20届本科毕业生，是大连民族大学最早成立的系之一。

生物工程专业是国家级一流本科专业建设点、教育部高等学校特色专业建设点、辽宁省普通高校一流本科教育示范专业、辽宁省高等学校示范性专业，是我校第一个通过中国工程教育认证的专业。生物工程学科为辽宁省重点培育学科、国家民委一级重点学科，现拥有生物工程一级学科硕士学位授权点。生物工程系拥有生物技术与资源利用教育部重点实验室、国家民委生物化工重点实验室、辽宁省生物催化与仿生化学重点实验室等6个高端科研平台，平台仪器设备总值9000余万元。

目前在册本科生共计456人。在读硕士研究生共计109人，其中联合培养研究生17人。

生物工程系拥有一支结构合理、教学科研水平高的师资队伍，现有教师30人，其中教授7人、副高职15人、中级8人。具有博士学位25人，42%教师具有海外学习和访学经历。生物工程教学团队为辽宁省优秀教学团队，教学团队中有辽宁省教学名师1名，辽宁省二级教授1名，辽宁省百千万人才千人层次1人、万人层次2人，大连市优秀教师1人，大连市科技之星3人。曾获得过辽宁省普通高等学校省级生物工程专业优秀教学团队和辽宁省普通高等学校生物工程专业学科带头人荣誉称号。2009年，依托生物工程专业多年的教学成果获得了辽宁省高等教育教学成果二奖1项。

生物工程系近年来先后承担国家自然科学基金委、国家民委，辽宁省科学基金委等100余项科研课题，累计科研经费达700余万元。发表各种科研论文400余篇，其中，SCI收录168篇，EI收录58篇；出版著作6部。

生物工程系十分重视国际交流与合作，广泛开展与世界著名大学的专家、学者的学术交流、课题合作，以及双方师生的互访、交流，有效地促进了教学、科研的发展。还聘请了美国、加拿大、英国、日本、韩国等国家多名知名教授为生物工程系讲座教授、兼任教授等。